قدمت بیمارستان فارابی به سال 1300بر می­ گردد. در سال1313 بخش چشم پزشکی بیمارستان فارابی بوسیله پروفسور شمس راه اندازی و اولین عمل پیوند قرنیه ایران در همان سال توسط وی در این بیمارستان انجام شد. با راه اندازی این مرکز، انجام عمل جراحی چشم برای آموزش دانشجویان توسط پروفسور شمس و همکاران ایشان از جمله پروفسور محمدهادی قوام صدوقی، دکتر مسعود ضرابی و دکتر حسن علوی، انجام می ­شد. در سال ­های خدمت پروفسور شمس، بیمارستان فارابی از لحاظ چشم پزشکی در سطح بالایی قرار داشت و استادان و چشم پزشکان برجسته بین المللی بارها از آن بازدید کردند.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی با توجه خاص به توسعه و تجهیز بیمارستان و با تلاش مسئولان ذیربط، این بیمارستان به صورت بزرگ ترین مرکز چشم پزشکی در خاورمیانه درآمده و بسیاری از اعمال جراحی چشم که قبلاً در ایران قابل انجام نبود و بالاجبار بایستی بیماران را برای مداوا به خارج از کشور اعزام می­ کردند، با همت پزشکان مجرب و پرسنل سخت کوش بیمارستان در این مرکز انجام می­ گیرد. بطوری که دیگر نیازی به اعزام بیماران به خارج از کشور برای معالجه چشم وجود ندارد.

بیمارستان فارابی یکی از مراکزی است که همه روزه مراجعات بسیاری داشته و بیماران از اقصی نقاط کشور مراجعه و تحت درمان قرار می گیرند این مرکز با پیشینه ای درخشان مورد احترام تمامی محافل داخلی وجهانی بوده و با بهره مندی ازآخرین تکنولوژی و تجهیزات پیشرفته نام خود را در تاریخ چشم پزشکی ایران جاودان نموده است و این مهم نتیجه زحمات پزشکان پیش کسوت و دانشمندانی بوده که در این مسیر گام نهاده وسختیها و تلاش فراوانی را به دوش کشیده اند و در راس همه آنان نام پروفسور محمد قلی شمس می درخشد انسانی که سال های متمادی و تا آخرین روز عمر خود را وقف بیماران نمود.
هم اکنون نیز با وجود مراکز چشم پزشکی وابسته به دانشگاه ها ودیگر مراکزی که بطور خصوصی اداره می گردند باز هم این بیمارستان همچنان محل ارجاع اکثر بیماران می باشد و هنوز هم میعادگاه تبادل افکار و تکنیک های روز جراحی های چشم می باشد. این بیمارستان بدلیل داشتن درمانگاه های معاینه اولیه چشم پزشکی (درمانگاه عمومی) و درمانگاه های تخصصی همه روزه پذیرای تعداد بسیاری از مراجعین به این مرکز می باشد. همچنین درمانگاه اورژانس بیمارستان با پذیرش بیش از 400 بیمار در شبانه روز یکی از فعال ترین درمانگاه ها می باشد. 

با توجه به تعریف گردشگری سلامت و نقش مراکز درمانی چون فارابی در این حوزه بیمارستان فارابی از سال 1390 به همت دکتر مهدی خداپرست معاون درمان وقت بیمارستان بخش بیماران بین الملل این بیمارستان ایجاد گردید. طی سالیان گذشته به همت روسا، مدیران و همکاران گردشگری سلامت بیمارستان فارابی تلاش های بسیاری در راستای ارتقا این بخش صورت گرفته است به گونه ای که بخش بیماران بین الملل بیمارستان فارابی روزانه پذیرایی بیماران بین الملل از نقاط مختلف دنیا می باشد.